是否会产生对注射的DNA本身的免疫反应，会不会产生抗DNA抗体，会不会造成自身免疫性疾病，尽管有文献认为可排除这些可能性，但对核酸疫苗的安全性仍需进一步进行深入而细致的研究。

　　目前对核酸疫苗的作用机制还不甚明了，深入研究核酸疫苗的作用机制，可使核酸疫苗的设计更趋合理，效果更显著，潜在危险性更小。

　　表达抗原在体内的高水平，长时间的存在对宿主机体的免疫功能有何影响；表达的时间与水平如何控制，控制到什么程度最佳。

　　在完成上述研究重点问题后，可应用大型哺乳动物或灵长类动物进行试验，之后可加快核酸疫苗商品化的进程，使其尽快产生经济效益和社会效益。

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